Успешный опыт работы подготовительного отделения НГТУ под руководством Виктора Анатольевича Эстрайха позволил на базе школьных групп воплотить в жизнь идею создания лицея, поддержанную ректором Анатолием Сергеевичем Востриковым. 9 августа 1996 года вице-мэр города Новосибирска Владимир Филиппович Городецкий подписал постановление о создании лицея НГТУ. Первое название, данное лицею в 1996 году - «Технический лицей НГТУ». Директором был назначен Борис Борисович Горлов. С 2002 года лицей возглавляет Безлепкина Маргарита Александровна, под руководством которой лицей стал одним из лучших общеобразовательных учреждений города Новосибирска. В 2009 году при реорганизации Лицея НГТУ путем присоединения к нему средней школы № 171 был создан Инженерный лицей НГТУ.

В 2014 году Инженерный лицей НГТУ награжден Почетной грамотой мэра города «За большой вклад в совершенствование системы образования в городе Новосибирске». В настоящее время в лицее реализуются два региональных инновационных проекта: развитие сети специализированных классов для одаренных детей математического и естественнонаучного направления, и внедрение модели системы управления качеством образования.

За годы существования лицея сложились традиции проведения праздников: День лицея, Фестиваль творчества, Посвящение в лицеисты, Переводной вечер 10-классников, Последний звонок, а также проходят выборы Лучшего лицеиста среди учащихся 10-11 классов. Но самое главное, что было создано за прошедшие годы - это лицейское братство. Выпускники лицея гордятся тем, что учились здесь, помнят и любят своих учителей, вспоминают годы учебы с благодарностью и считают, что лицей дал им больше, чем последующие институты и университеты, потому что стал не просто местом учебы, а школой жизни.